主线任务是游戏推进的核心内容，玩家需要通过完成一系列剧情关卡来解锁后续章节。主线任务通常与霍格沃茨的学习生活紧密相关，包括课堂挑战、禁林探索以及对抗黑魔法等。任务难度会随着学年提升而增加，合理搭配卡组和掌握战斗技巧是通关的关键。
在早期学年任务中，玩家需要熟悉基础卡牌的使用和战斗机制。例如黑魔法防御课的通关重点在于快速清理康沃尔郡小精灵，推荐携带群攻咒语卡如火焰熊熊和飓风咒。课堂规则要求玩家在限定时间内完成任务，因此高效输出比防御更重要。禁林探索类任务则注重团队协作，组队时需注意角色技能互补，例如治疗类卡牌与高输出卡牌的搭配。
中后期主线任务的挑战性显著提升，例如金色闪光关卡要求玩家在极低血量的情况下应对大量敌人。卡组构建需更加精准，建议优先选择高爆发咒语卡如闪电风暴，并利用速速禁锢控制敌人走位。部分关卡存在隐藏机制，例如缓慢时间技能可以减缓敌人行动速度，合理利用这类技能能大幅降低通关难度。
部分主线任务涉及解谜元素，例如幕后主线的画框摆放需要按照特定顺序调整。固定画框不可移动，其余画框需根据人物特征归位，金发少女对应2号位，棋手放置于3号位，骑士则安排在7号位。这类任务考验玩家的观察力和逻辑推理能力，失败后可重复尝试且无惩罚机制。主线任务奖励包括金币、宝石和稀有卡牌，完成特定章节还能解锁传说卡牌。建议优先推进主线以提升账号整体实力，同时积累资源用于卡牌升级。任务进度与宝箱系统关联，每日完成学院活动可加速宝箱刷新，从而更快解锁后续剧情。
