前往水下废墟的关键在于找到特定区域的入口并完成相关解谜。枫丹区域的水下探索中，玩家需要先解锁水下锚点，这些锚点通常位于遗迹附近或通过任务引导解锁。部分水下废墟入口被机关或屏障封锁，需击败守卫怪物或激活特定机关才能进入。例如科学院区水下遗迹的入口需通过交互红色与蓝色机关切换状态来开启。
进入水下废墟后需注意氧气机制，靠近复苏水团或鱼群可恢复水下体力。水下移动主要依赖洋流快速传送，战斗时需利用原海异种生物赋予的能力对抗敌人。部分废墟内存在多层空间结构，需通过上升石板机关或解谜火种推进探索。青墟浦地下遗迹的水下通道会在解谜后出现，需击败丘丘人并激活火种机关才能深入。
水下废墟的解谜核心在于观察环境互动元素。常见机关包括需按顺序点亮的水方碑、被藤蔓封锁的水形柱（用火元素清除）、笼中仙灵（需解锁多重机关）以及需要碎石激活的祭坛。绝云间水下遗迹要求玩家击碎发光石头获取星星道具，用以点亮石灯解除封印。部分解谜需完成前置任务如神樱大祓才能触发水位下降。探索时建议优先清理区域内的敌人，避免解谜过程中被打断。珍贵宝箱通常隐藏在需要多重解谜的封闭空间内，如通过移动雕像解开石门或完成火种收集。
