某些兵种因其独特的属性或战斗表现被玩家称为变态兵种。这些兵种通常具备超常的生命值、攻击力或特殊能力，能在战场上发挥决定性作用。
凯尔特攻城武器是典型的变态兵种之一，其重型攻城车拥有405点生命值，重型投石车和重型弩炮也分别具备105和75点生命值。这类攻城器械在成型后配合长枪兵和投石机几乎所向披靡，唯一的威胁是造价高昂的火炮海，但实战中极少有玩家能承担这种资源消耗。凯尔特攻城器的破坏力使其成为推进战线的核心力量。
高丽战车以200点生命值和9+4的攻击力成为弓箭兵的克星，其0+3/4+4的盔甲属性进一步强化了生存能力。即使是哥特近卫军或雄鹰战士这类远程兵克星，面对高丽战车也需要付出两倍以上的代价才能取胜。圣殿骑士在等量对抗中也会损失70%-80%的兵力，高丽战车凭借综合优势成为战场上的坦克级单位。
条顿武士和哥特近卫军代表了步兵系的变态兵种。条顿武士拥有10点盔甲值和17点攻击力，对低护甲单位形成碾压，其近乎不死的特性在近战拼杀中尤为突出。哥特近卫军则以变态的出兵速度、低廉造价和数量优势著称，能在弓箭海中持续冲锋，堪称洪水般的压制力量。
撒拉逊马穆鲁克和高丽投石车则分别展现了骑兵与攻城武器的极端性能。马穆鲁克对骑兵、骑射和步兵均有显著克制效果，仅因高昂造价限制了规模。高丽投石车凭借8+4的超远射程轻松摧毁城堡，配合长戟和战车形成无解的组合，其强度甚至导致部分对战规则中禁用高丽文明。
西班牙村民和波斯战象是功能性与数值失衡的代表。西班牙村民拥有80点生命值，能快速建造或拆除城堡，甚至直接参与战斗；波斯战象则因超高生命值和攻防数据被称为无冕之王，若其移动速度提升至轻骑水平，将彻底打破游戏平衡。这些兵种的设计充分体现了帝国时代2在兵种差异化上的深度考量。
