副本是逆水寒手游的核心玩法之一，分为每日历练、每周挑战和团队副本等多种类型。每日历练包括秋岚画院、镜湖飞音、雁门狼烟等子副本，随着等级提升逐步解锁，每天最多可获取三次奖励，每次消耗10点活力。每周挑战如武林风云录、战剑江湖等，奖励更丰厚但次数有限，需消耗15点活力。团队副本通常需要多人协作，对职业搭配和机制理解要求较高，建议提前熟悉BOSS技能和应对策略。
铁衣作为前排坦克负责吸引仇恨，素问提供治疗支持，输出职业如神相、碎梦等需保证伤害能力。部分副本对秒伤有硬性要求，例如英雄天荒异闻建议团队秒伤不低于6.5万。特殊机制副本如秋岚画苑需进入画卷战斗，镜湖飞音采用横版空战玩法，而雁门狼烟则需操控大炮协作击杀敌人。合理利用弹反、解控和减伤技能是应对高伤害机制的关键，例如澹台灭尘的炽焰浊尘需提前远离扇形攻击范围。
高阶副本如英雄天荒异闻和碧血鸣沙存在多阶段机制。以老一叶惊弦为例，需踩黄圈召唤灵鹿，利用归鹿闪瞬移上交长星箭打断BOSS蓄力。老二岳大力需搬运鲁班锁至机关人，同时躲避锤舞追击的红圈。老三黑鳞猛蛟需集火雷爆水球，并通过寒冰神掌冰冻水柱完成雷反。老四澹台灭尘需优先击杀火蛇，利用火轮引爆削弱BOSS韧性。团队需明确分工，例如铁衣阻挡激光、输出职业集中处理召唤物。
