替身术冷却时间固定为15秒，且需消耗奥义点才能触发，若过早使用或判断失误，会导致关键阶段陷入被动。部分忍者如照美冥虽拥有特殊替身机制，但多数角色无法主动缩短CD，导致战术容错率降低。替身术无法规避抓取类技能的控制效果，面对冻雪、扦插等秘卷时仍会被强制打断连招。
仅在被浮空或僵直状态下才能使用，若对手通过霸体或技能无敌帧规避控制，替身术将无法激活。傀儡系忍者的攻击判定特殊，无论距离远近都会强制替身至本体身后，这种固定落点容易被预判反击。部分忍者技能如须佐能乎的全屏攻击，也会使替身后的无敌时间失去战略意义。
每次使用需消耗1个奥义点，而奥义点需通过命中技能缓慢积累。若在低奥义点状态下被迫使用替身，后续可能无法释放奥义技能或二次替身。部分高爆发忍者能通过连招快速触发保护机制，使替身术的伤害规避价值大打折扣。能量系统的限制迫使玩家必须在进攻节奏与防御资源间谨慎权衡。
成功替身后虽有短暂无敌，但若对手保留反手技能或通灵兽，仍可能被二次控制。部分玩家会刻意保留替身术作为心理威慑，但这种策略可能导致错失最佳使用时机。替身落点固定也容易被预判，高端对局中常见通过走位或技能后摇诱导替身的战术。
