当玩家击败肉山进入困难模式后，游戏将解锁一个更强大的神器体系，其中最具代表性的是被称为地牢五神器的系列武器。它们分别是食人鱼枪、冰龙杖、腐化杖、彩虹枪和吸血刀。这些神器无法直接获取，必须通过合成特定的钥匙来打开地牢中对应生态的宝箱才能获得。合成钥匙需要对应的环境模具、世纪之花掉落的钥匙以及机械三王掉落的灵魂，而模具需要在肉山后的特定环境中刷怪才有极低概率掉落。这套获取流程虽然繁琐，但每一把神器都拥有独一无二的强大效果，比如食人鱼枪的锁定撕咬、彩虹枪的持续范围伤害以及吸血刀的吸血能力，是挑战后期BOSS的利器。
在游戏的终盘阶段，玩家将有机会获得公认的四大顶级神器，它们代表了近战、魔法、远程和防御等不同方向的巅峰。这包括太阳之灵、霜月灵犀、月神圣剑和太古龙鳞。这些神器的获取通常与游戏最终的事件和BOSS紧密相连，例如太阳之灵需要收集太阳碎片制作，霜月灵犀则必须通过参与冰霜之月事件并击败特定BOSS才有几率掉落。它们的性能极为卓越，能够极大地提升玩家在面对月亮领主等终极挑战时的战斗力。
神器的获取方式多种多样，主要可以归纳为探索开启宝箱、击败特定BOSS掉落以及合成这三种核心途径。前期神器多藏于天空岛、地牢或丛林蜂巢的宝箱中。中后期的神器则往往需要玩家挑战强大的BOSS，如世纪之花、机械三王或月亮事件中的敌人。而最复杂的一类获取方式当属合成，这不仅包括用各种矿锭制作像钻头控制装置这样的功能性神器，更包括为开启地牢宝箱而进行的钥匙合成，这个过程需要玩家在困难模式下有目的地收集来自环境、BOSS和怪物的多种稀有材料。
