铱矿作为最稀有的矿物之一，主要用于制作最终级别的工具和自动喷水器，同时也是打造最强戒指的关键材料，这些戒指能提供光亮、拾取范围增大和攻击力提升等效果。铱矿通常需要通过炸开沙漠矿洞或火山地牢的岩石获得，其稀有性和实用性使其成为后期发展的核心资源。
五彩碎片是另一种极具价值的矿物，它可以通过挖掘矿井深层（100-120层）、骷髅洞穴或火山地牢的神秘矿获得，概率约为25%。五彩碎片的主要用途是兑换银河之剑，这是游戏中最强力的武器之一，也能用于解锁某些隐藏内容。由于其低掉落率和高需求，玩家通常需要反复探索矿洞或借助运气增益来提高获取效率。五彩碎片无法通过普通熔炼方式加工，而是直接作为高级货币或任务物品使用。
放射性矿石是游戏后期新增的特殊矿物，其熔炼时间比铱矿更长，但基础售价更高。它主要用于制作顶级生长激素和魔法鱼饵，能显著提升作物生长速度和钓鱼效率。放射性矿锭还可用于兑换银河之魂，这是强化装备的关键材料。与铱矿不同，放射性矿石仅在困难模式的矿井或骷髅洞穴中出现，且生成概率受每日运气和矿井深度影响，玩家需要合理规划探索策略。
宝石类矿物如翡翠、红宝石等虽然不能直接用于装备制作，但在游戏中有独特用途。它们可以作为礼物提升NPC好感度，部分角色如阿比盖尔、矮人等对特定宝石有偏好。宝石还能通过晶球破开器加工，或捐赠给博物馆以解锁奖励。某些宝石还用于社区中心的收集包，完成这些任务能推进剧情发展。这类矿物的多用途性使其成为中期资源管理的重要组成部分。
特殊矿物的获取往往与矿洞探索深度相关，例如翡翠在矿井40-120层较为常见，而抵达120层后全层都可能出现。玩家需要根据矿物分布规律调整挖掘策略，使用炸弹或楼梯可以提高效率。部分矿物如石英虽然普通，但精炼后能用于制造高级物品，这种转化过程体现了游戏资源体系的深度设计。
