前往清籁岛地下区域的核心方法是完成石板解谜并激活水位机关。首先需要传送到清籁岛七天神像附近，在踏鞴砂右侧小岛找到相位之门，通过旋转门的方向对准清籁岛神像方位即可传送至主岛。登岛后需注意地下入口通常位于天云峠山峰环绕的湖中区域，该处存在多个需要解密的石板机关。
地下迷宫的入口需要通过石板解密开启。在清籁岛特定区域会看到带有红色标记的石板，按照特定顺序踩亮这些石板后，附近的水位会逐渐下降。每次水位下降都会露出新的通道，最终可进入地下三层结构。解密过程中需注意周围可能存遗迹猎者等敌人，建议提前清理以确保安全探索。石板解谜完成后，地面会出现明显入口，通过飞行或攀爬即可进入地下空间。
地下迷宫分为三层结构，每层都设有不同颜色的门禁机关。红色、黄色和蓝色门分别对应独立开关系统，需要通过调整开关的横竖状态来开启。这些开关通常分布在门附近或隐藏在某些角落，使用元素视野有助于快速定位。特别需部分开关会同时控制多道门，若遇到无法开启的门，需要返回检查其他开关状态。地下二层存在一个关键机关，调整后可解锁通往最底层的通道。
最底层包含清籁岛地下核心区域，这里有需要雷种子才能雷霆结界。建议提前在附近获取雷种子，其持续时间足够完成底层探索。底层中央设有继电石谜题，需要收集三个继电石并放置在放电石与聚电石之间形成回路。其中两个继电石位于雷霆结界内，必须携带雷种子才能获取。完成所有解谜后，底层山洞会开启最终宝箱，同时解锁相关成就。探索结束后可通过相位之门快速返回地面。
