S级忍者的强度与秘卷搭配密切相关。风遁·风杀阵和秘卷·查克拉是两种通用性极强的选择。风杀阵具备吸附控场能力，可配合多数忍者的技能实现先手或反打；查克拉则能快速补充奥义点，避免替身真空期，尤其适合依赖奥义输出的忍者。这两种秘卷的泛用性使其成为新手和进阶玩家的首选。
霸体秘卷虽被部分玩家视为万金油，但其实际价值需结合忍者特性判断。对于缺乏突进或防御手段的S级忍者（如雷影、初代火影），霸体可提供稳定的输出环境。但需注意当前环境中存在冻雪、解术散等克制霸体的秘卷，过度依赖可能适得其反。合理评估对手阵容和自身忍者短板是选择霸体的前提。
针对特定S级忍者，专属秘卷能显著提升战斗力。秽土转生宇智波鼬搭配幻术·此处非之术可升级为伊邪那美，宇智波斑白面具携带忍体术·反可触发宇智波反弹。这类专属秘卷通常需要参与活动获取碎片，培养周期较长，但强度与适配性远超通用秘卷。优先为主力S级忍者配置专属秘卷是高端局常见策略。
冰遁·冻雪和解术散是当前版本应对霸体忍者的核心秘卷。冻雪提供长时间控制，适合连招型S级忍者；解术散可清除敌方增益并扣除奥义点，对依赖霸体或奥义的对手压制力极强。需注意冻雪的释放时机需预判对手走位，而解术散则需贴近施放，两者均对操作精度有一定要求。
