隐藏关卡是游戏的一大特色，目前共有四个隐藏关卡：溶洞、沼泽、墓穴和神庙。溶洞关卡是第一个隐藏关卡，对应冰雪关卡。进入溶洞需要在冰雪关的BOSS房间中寻找一条被堵住的路。击败BOSS后，天上会掉下一个牢笼，解救其中的矿工并与其对话，矿工会打开被堵住的路，跟随矿工即可进入矿洞前的隐藏关卡。5.0.0版本新增的矿工角色可以直接使用技能越过障碍到达矿洞。溶洞关卡的地面有冰面，会影响玩家移动，且爆炸或冲击波可能触发冰刺掉落，对玩家造成伤害。
沼泽关卡对应森林关卡，进入方式较为特殊。在森林关卡的小怪房间中会出现一个奉献池，玩家需要将武器投入池中献祭，武器品质越高，献祭值越多。当献祭值达到5点后，BOSS房间的BOSS会被强制替换为变异的哥布林祭师。击败哥布林祭师后会出现紫色传送门，通过传送门即可进入沼泽关卡。沼泽关卡的地面会减缓玩家移动速度，且宝箱会自动开启，金币和能量球数量也会增加。
墓穴关卡对应遗迹关卡，进入方式需要解谜。在遗迹关的BOSS房间中，有几率出现另一条路，击败BOSS后前往该区域会发现一个石碑。与石碑交互后会出现谜题，玩家需要在规定时间内通过方向键连接相同符文，填满所有格子即可打开传送门。墓穴关卡的地形较为危险，地面有深坑，玩家掉入会受到伤害。若全程不掉入深坑，可解锁成就凌波微步，奖励为墓穴的背景音乐磁带。
神庙关卡是第四个隐藏关卡，进入方式较为隐蔽。在神庙关中，击败BOSS后会有概率出现隐藏入口，玩家需要使用一拳或超级大宝贝儿攻击发暗的机关才能开启传送门。神庙关卡的挑战难度较高，地形和敌人配置都较为复杂。完成所有隐藏关卡后，玩家可解锁成就谜中谜，奖励为三个隐藏关卡BOSS的背景音乐混剪磁带。
